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3类。按照海区划分，通常分为沿岸生态系、大洋生态系、上升流生态系等；按生物群落划分，一般分为红树林生态系、珊瑚礁生态系、藻类生态系等。
由于海洋生态系统的研究工作开展较晚，还没有一个海洋生态系统的系统划分方案。据十多年来的工作，有以下划分：沿海区有河口生态系统，沿岸、内湾生态系统，红树林生态系统，草场生态系统，藻场生态系统，珊瑚礁生态系统等。
远海区有大洋生态系统，上升流生态系统，深海生态系统，海底热泉生态系统等。其中，以上升流生态系统，沿岸、内湾生态系统，以及河口生态系统的研究工作做得多些。
世界海洋是一个连续的整体。虽然人们把世界海洋划分为几个大洋和一些附属海,但是它们之间并没有相互隔离。海水的运动(海流、海洋潮汐等),使各海区的水团互相混合和影响。这是与陆地生态系不同的一个特点。
大洋环流和水团结构是海洋的一个重要特性，是决定某海域状况的主要因素。由此形成各海域的温度分布带──热带、亚热带、温带、近极区（亚极区）和极区等海域；暖流和寒流海域；水团的混合；水团的垂直分布和移动；上升流海域等，都对海洋生物的组成、分布和数量有重要影响。
地球的大部分空间都是海洋，而海洋的存在也为这颗星球增加了许多神秘的色彩。在海底，大多生物都是长得奇形怪状的，而这些生物虽异于地表动物，但大部分都经过科学家的研究，对之还算有一定的了解。
但日前，科学家却在海底深处发现了一个新的生态系统，该系统与一般海下系统详查甚远，而经过研究后，还在其中发现了一众未知的微生物。
据悉，发现深海生态系统的科学家团队有部分来自美国，另外也有人来自墨西哥。在研究中，他们使用遥控潜水器对深海环境进行观测，最终在加尼福尼亚的海岸发现了一个独特的生态系统。据悉，这个生态系统的特别之处就在于其水温极高，而在其中还有微生物生存。
据报道可知，科学家所发现了这一前所未见的生态系统位于加利福尼亚湾南部的科尔特斯海极深未知，距海平面约3800米的深处，而该海域正属太平洋。
经了解，科学家得知在科尔特斯海的底部含有大量的热液喷口，这些喷口在高压的状态下喷出硫化氢，最终进入大洋。这些高温高压的产物经过作用，将水加热到287度。热源也因此成了生命绿洲，为微生物的生长提供了温床。
在此，科学家发现使用化学反应合成的许多微生物。最令科学家兴奋的是第一次发现了蓝色微生物，这些微生物以前在科学上不为所知。不过，深水潜水器收集的数据还有待深入研究。
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