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达尔文的进化论认为，一切的生命都是由单细胞衍变而成多细胞，以至到各个不同的生物生命。但这一理论现在在比较解剖学、胚胎学以及生物地理上都被发现了很多的反证，证明进化论不成立。现就下列几个问题来加以闸述：
一、进化的理论：由原料与动力来看：
达尔文认为生物受基因的突变影响，不断地衍变，并受到自然环境的选择而自然淘汰，使适合生存的生物存活下来。因此，基因突变是进化的原料，而环境的选择是一种动力。但这些都被证实是不对的，因为百分之九十以上的基因突变都是有害或致死的，不可能造成生命的衍变与存在。并且，根据热力学第二定律，一种物种可能横向发展，例如鸡种可分为黄毛鸡，黑毛鸡等不同种，但它们基本上都是鸡，不可能由鸡转向另一种生物。不可能有纵向的转变，如由低级动物变成高级动物。所以对进化的原料与动力到目前为止仍是不得而知。
二、进化的方式：连续式或跳跃式的：
达尔文坚持渐变式进化，但这一理论却不能解释生物学中物种的分类。因为在现今存活的物种之间都有非常明显的分类标准，若依达尔文的连续式进化来看，每一物种之间都应有相似相连的地方，例如人与鸡，鸭之间应有相同之处，但事实上却没有。
对这一点，达尔文又提出解说。他认为生物进化是连续式地进行的。在一物种变换为另一物种的当时，由于生命力微弱，所以不能存活，唯有转化为另一物种后生命力才强、才能存活，但这一解说又面临没有转化过渡阶段的物种化石的证明，因此不能证实物种之间在渐进转化时因生命力弱而死亡的解说。认为一物种变化为另一物种是跳跃式进化的，中间没有所谓的渐进物种存在，然而这一学说不被达尔文接受，因为达尔文认为这种跳跃式的进化与神迹奇事相同，而达尔文根本不相信神的存在。所以，虽然他提出的进化论学说没有化石来证明，他仍不接受创造论。
由今天的课程，我们很清楚地明白达尔文的进化论，无论从原料与动力还是由进化的方式，都无法得到明确的实证。
叁、化石的证据对达尔文的进化论不利：
1. 始祖鸟的化石：
当科学家们发现始祖鸟的化石时都非常的兴奋，因为这证明了达尔文渐序进化论的不可靠。这始祖鸟化石的前肢有很明显的羽化的现象，也就是说这化石代表了爬虫类与鸟类之间的过度阶段的化石，但不久这一化石的证明就被其它的发现否定了。
〔1〕科学家们发现这始祖鸟的化石中有人工的痕迹，因而降低了它的可信度。
〔2〕在现代的非洲和南美洲也发现了一种仍活着的飞鸟，它们的前肢，也就是翅膀，有爪子的形状，这表示始祖鸟不是进化中间阶段的化石，而是实际存在的一种物种的化石。
〔3〕原本科学家以为始祖鸟是介于爬虫与飞鸟类之间的过渡期的物种，但是按照它爪子的形状来分析，它应是栖于树上的进化类飞鸟。
〔4〕在中国的辽宁省发现了一个现代飞鸟的化石，它的年代与始祖鸟的年代相近，这又证明了始祖鸟并不是最早的鸟的始祖化石，而是一种已进化完全的物种化石。
由以上几点发现，化石并不能解释达尔文渐序进化的中间环带。
2. 腔棘鱼化石：
这是一种已绝种的鱼类，被认为是鱼类与两栖类的过渡型。因为腔棘鱼的骨胳比较发达，胸鳍中的小骨使科学家联想到可能会发展成前肢，那么就可以登陆了。然而，1938年在西印度的一艘捕鱼船发现了一种与腔棘鱼骨胳结构几乎一样的鱼类，经解剖后发现它没有陆上的呼吸系统。这就是说，它无法在陆地上生存。即使他胸鳍的小骨进化成爬行的前肢，也不能在陆上生活。
3. 软体动物与脊椎动物之间的关系，完全没有任何化石可以来加以说明后者是由前者进化的:
由A、B、C叁种化石的问题可以很明确地证实达尔文进化论的困难。达尔文本人也坦诚他无法找到进化过程中的中间环带的化石对他的理论很不利。
四、进化的过程是均变还是突变？
1. 达尔文的理论是均变，即渐进式的演化。
2. 事实的证据却都显示是突变或灾变式的：
〔1〕古生物学上的两大灾变：一次是二亿五千万年前的二选纪，那时候很多海洋生物都绝迹了，另一次是白垩纪与叁选纪之间的大灾变，恐龙就是在那时绝迹的，但灾的原因为何到目前仍不可知。
〔2〕现代所发掘的大煤田，大油田都是古代动物植物死后未经氧化的结果，而煤田与油田的发现都是大片大片的。这证明古代动、植物遭遇了大灾变而大批地一同死亡。
〔3〕近代发现的活化石，如中国的银杏、水杉等植物都是先发掘它的化石后，才在现代植物中发现它们的物种仍然存活，并非古代绝迹生物的化石。
由以上几点可证明，达尔文的均变理论不可信，这一切的变化都是经过突变或灾变而形成的。这变化非超自然的力量不可为，但达尔文完全不相信这超自然的力量。
五、创造的证据彼彼皆是：
眼睛的奇妙与达尔文的震骇：
达尔文在他的<<物种起源>>一书理提到眼睛的构造及其自动的焦距调整、采光与色差的分辨等功能，是通过自然选择产生的 -- 也就是进化论中最荒谬的假说。这说明了达尔文本身也承认像眼睛如此精细的结构是进化中无法产生的，因为这是一个创造的证据。不仅眼睛的构造的证明，就连我们各个器官之间的互相运转与搭配，都显明了神创造的大能。如同诗篇139篇的记叙。
在创世记中我们看到神用尘土创造了人，是按照他的形像所造，并在造好之后对人的鼻子吹了一口气，使人成为有灵的活人。这使得人与其它的受造之物有极大的不同，所以证明了创造的可信度。
六、进化论与创造论论战的实质
这是信仰与世界观之争，而非学术之争：
在17世纪的时候，当哥白尼的日心说取代了亚理士多德的宇宙观时，科学家们也连带地否定了神是宇宙的第一因。接着，基于科学上的不断发展与探寻宇宙的奥秘，人们误以为科学万能，而逐渐忽略了神的大能，甚至反对神的存在说。就是因为他们的无神论，使得他们科学家在物种起源的问题上产生了争论，而达尔文的自然进化论就在这个情况下产生了。所以说，整个进化论的前提是首先相信无神论，然后在有限的环境与观察中设定进化的假说，接着在局限的情况下求证，即使得到反证也不在乎。由此可以很清楚地看到，进化论是基于信仰上的无神论的假说，并没有科学实证的理论。旧金山大学的一位教授说，达尔文的进化论从一开始就没有任何实际的实验，仅以雄辩解除了化石不支持进化论的困境，又把人工繁殖的微进化与广进化的关系作为证据，所以达尔文的理论一开始就错了。
美国的另一科学家史帝克博士说，达尔文经历了信仰的崩溃，使人以为他经过了多年的研究才提出进化论。其实，他是在对信仰的信心衰退时，他进化论的信心才建立起来的。进化论被用以弥补否定创造论 的理论空缺。进化论只是用以弥补思想空缺的代替品而已，并非有什么吸引人的地方，或能解释科学事实。
所以，我们知道进化论是信仰世界观所致，是哲学多于科学，可用于假设，但不可当作事实来教导人们。
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